Chiến dịch Hạ Môn đã gây tổn thất lớn cho thủy quân Thanh tại duyên hải Đông Nam, đồng thời ổn định lòng quân Trịnh tại Hạ Môn. Quân Thanh không dám tấn công quân Trịnh thêm một lần nữa. Trịnh Thành Công chủ ý đông chinh giải phóng Đài Loan, xây dựng căn cứ địa mới để tiếp tục kháng Thanh lâu dài.